前民主基金會執行長、中山大學社科院長林文程表示，北京從未因馬政府推動外交休兵而停止打壓台灣，若台灣的領導菁英持續軟弱下去，台灣就會逐漸香港化，各國也會更傾向中國對台灣的主權宣稱。 林文程在「台灣主權的維護和國家利益的追求座談會」發表論文。他直指台灣作為主權國家，須面對中國、其他國家、國人認同分歧的三大挑戰。 他批評指出，馬政府推動的外交休兵，完全取決於北京的善意，只是暫時自我麻痺，北京也從未停止打壓台灣。 而美國對台灣的主權地位，也在北京的壓力下，隨時間而作出不利的調整；其他國家更是不堪，寧選擇犧牲台灣來維護自身利益。雖然台灣的主流民意是緩步朝向獨立，但仍未達高度共識。 林文程說，馬政府上台後，把所有經濟發展都押在中國身上，不敢積極捍衛國家主權；台灣恐逐漸香港化，各國也會產生台灣遲早成為中國一部分的錯誤認知，因而傾向接受中國對台灣的主權宣稱。 中研院歐美所研究員林正義，從台美關係看台灣的國家利益。他說，中美國力的消長，增加美國對台軍售的困難及軍事干預的風險，最後就是盡量趨附中國的要求。 對於馬政府可能簽署兩岸和平協議，林正義表示，若簽署後要如何調適台美關係？台灣可能不願再對美軍購，美國也會擔心武器流入中國而不敢賣，台灣關係法的功能也會自我限縮；中國更會設法排除美國繼續擔任台灣的監督保證者，最後可能會要求廢除台灣關係法。美國對台的義務與負擔，也將因此減少。 他說，若兩岸想建立軍事互信機制，不只要對台灣內部進行說明，也要爭取美國的支持，才有可能踏出第一步。 中研院社會所研究員吳乃德，根據歷年來的台灣人、中國人認同調查及統獨調查指出，雖然台灣人認同不斷的成長，中國人認同急速凋謝，但這並不等於支持台灣獨立；唯一的共識是，只有台灣民眾才有資格決定台灣的未來。