經濟部水利署第四河川局自99年度起即積極執行濁水溪及其支流河川區域內違規使用河川公地之清查及排除，並對違規種植行為擬訂3年排除計畫，預計到今年底執行完畢；另違規建物部分，預計到民國103年底執行完畢。 第四河川局表示，為減少農民之損失及避免抗爭，採取較柔性及漸進方式執行排(剷)除，對合乎種植規定者先輔導農民合法申請，對違反規定但有意願改善者，均給予合理期限改善移除，另對查無行為人或不願改善者，始予以強制剷除。 該局為使民眾瞭解排除計畫之執行時程及範圍，使民眾排除前能儘速補辦使用許可或將違規使用情形改善後辦理使用許可，除已分年分區報請水利署辦理公告外，並於99年6月份起分別至濁水溪沿線17鄉鎮公所辦理地方說明會。 第四河局表示，尚未完成清查之部分河段該局仍將繼續辦理清查，另已完成清查尚未改善排(剷)除之案件，仍將繼續發包執行剷除。 該局呼籲於濁水溪河川區域內違規使用河川地之民眾，請儘速自行改善或廢止違規行為或向該局提出使用許可申請，以免觸犯法規，未改善及申請者，除須接受處分外並將遭強制剷除。