行政院衛生署已經決定順應民意，遵行簡政便民、照顧弱勢之原則，確立二代健保重大政策方向：一、提高五種補充保險費之扣費下限：將由原訂2千元，全部提高為5千元（除高額獎金）。 二、股票股利亦應納入補充保險費之計收範圍：未來將依所得稅法認定原則，以股票之面額每股10元計算應該扣取之補充保險費，並由合併發放之現金股利中扣取，遇有扣取不足或無現金可供扣取之情事，再轉由健保局開單，交予保險對象繳納。 三、針對二代健保實施首年費率，提出4.91%、5%、5.17%等三種不同的方案，報行政院核定。 四、保費差額補助，持續至二代健保實施日為止：99年間因應費率調整而啟動的差額補助，由於屬於一種過渡性措施，將於二代健保實施後停止，但為考量減輕民眾負擔，衛生署已建議行政院調降費率。