每年四、五月會到馬祖報到的燕鷗，終於出現在南北竿水道，最近幾天在北竿白沙碼頭港區的海面上，出現成群的燕鷗在覓食，這也代表今年馬祖燕鷗季正式開鑼；預估到了六月中旬以後，燕鷗數量會達到最高峰，建設局也呼籲地區各界民眾，要落實保護區的各項管制工作，共同用行動來迎接這群馬祖嬌客。 每年最早出現燕鷗的海域就在南北竿水道，白沙碼頭的消波塊是這群嬌客最喜歡駐足的地方，目前的數量還不算多，預估到六、七月會到達數量的巔峰期。目前在水道出現的是蒼燕鷗，而鳳頭燕鷗多半出現在中島及三連嶼附近。蒼燕鷗除了背部有點淡灰色及腳黑嘴黑外，全身幾乎是白色的，而牠最明顯的特徵，是後頭像是綁著一塊無色的三角頭巾，所以又有人叫牠們黑枕燕鷗。著名的神話之鳥－黑嘴端鳳頭燕鷗通常會夾雜在鳳頭燕鷗群中。 根據民國八十六年的調查，在各保護區列島繁殖的燕鷗群數量，約在9000隻左右，近兩年數量有略為減少，目前保護區各島礁四周，圍繞著太多干擾生態的越界漁船，對於生態保育而言是一項警訊。政府於八十八年正式將東引鄉的雙子礁；北竿鄉的白廟、中島、鐵尖、三連嶼；南竿鄉的進嶼、瀏泉礁及莒光鄉的蛇山等八個無人島嶼，公告為國家第十二處野生動物保護區－馬祖列島燕鷗保護區。 近年來馬管處每年都推出賞鷗行程，從五月中旬到九月下旬是馬祖賞鷗期，欲參加賞鷗行程的民眾觀光客，可洽馬祖各旅行社。