抽取地下水來換取淡水養殖的豐厚利潤，使得台灣沿海地層下陷，尤其是雲林地區，下陷的程度都足以讓高鐵「震顫」。去年交通部、內政部曾說「若地層下陷持續惡化，高鐵十年內變慢鐵」。 而具體的國土計畫，其中一項攸關農業用水減抽：配合推動節水型灌溉、針對彰化及雲林水利會公有水井、畜牧及養殖節水計畫、增供地面水源等措施下，逐年輔導水利會及民眾減抽地下水，達成減抽地下水三．三億噸之目標。並且辦理養殖區海水統籌供應系統及排水路環境改善，減少地下水抽取。 台南市並非中央列管地層下陷「紅色警戒」，但提早在養殖區域的變革，引海水路換取抽用地下水，既能提高養殖的存活率，也能讓魚種和漁民的養殖技術更為進化，一舉數得。 養殖產業近幾年來以推廣海水養殖為主、生態養殖為輔，市府漁業科統計今年台南市淡水養殖魚塭面積已減至五千一百七十七公頃，海水養殖魚塭成長至九千七百三十五公頃，並因此減緩地層下陷問題。 水利局長李孟諺說，北門地區原是列管的嚴重地層下陷區域，以前一年下陷速度在四．三公分以上，經管制地下水權和推廣海水養殖，去年地層下陷速度已減緩至三公分以內，成效不錯。 淡水養殖須申請地下水權才能設豎井抽地下水，海水養殖面積增加，也因此減緩地層下陷速度，水利局每年都會派員巡查魚塭、農田有否違法使用抽水水井，管控地層下陷。