基隆河藍色公路慘澹經營多年，台北花博結束後，基隆河藍色公路的運量更一落千丈，去年下半年，每月運量由花博期間五萬人減至約三千人，今年上半年更淒慘，半年間總運量只有一千九百九十人，基隆河三條航線，每天旅客平均只有十一人，每一航線還分不到四人，市議員批評，缺乏行銷及特色，注定成為「藍色蚊子公路」。 台北市公共運輸處表示，以往藍色公路過去一直缺乏有效的行銷宣傳方式及管道，目前已搭配網路行銷推廣，並成立臉書粉絲團，船舶業者也透過搭配節慶活動，讓船班提供結合美食及船上活動的套裝航程，透過精緻化活動安排，希望將藍色公路遊程列為未來家庭聚餐、朋友聚會及出遊活動的包船模式。 市議員陳玉梅批評，北市府在推動藍色公路時，只是一味投入硬體工程，花大錢，卻沒有軟體配合，結合地方文化與特色，充其量只是點對點的「乘船」，在花博期間即使有套票優惠，人數都遠不如預期，更何況現在的船班，完全沒有特色可言。