有立委提議故宮博物院改隸文化部一案，故宮副院長馮明珠回應，故宮典守國家資產，地位等同於中央銀行，把故宮置於部會底下，不妥。 文化部專委李應平轉述文化部長龍應台的說法表示，有立委主張下一波政府組織再造時成立「能源部」；如此一來需有一個部會空出來，因而希望讓故宮改隸文化部。當時龍部長確曾「點頭」肯定立委們的想法「有創意」，但她「沒有其他意思。」 故宮副院長馮明珠表示，故宮博物院成立以來，一直隸屬於行政院。在杜正勝擔任故宮院長時代，一度提議「故宮比照中研院直隸總統府」，但遭否決。甫離職的故宮前院長周功鑫及馮明珠則主張，故宮典守國家資產，應隸屬行政院，受立法院、監察院等監督。 馮明珠說，2008年修正「國立故宮博物院組織法」，明訂故宮隸屬行政院。立委們隨便提議故宮改隸文化部是「輕率的主張」，她建議立委應該先看看故宮的發展史，別輕舉妄動，否則會「很危險」。