台南市政府表示，台南市政府4月23日下午再接獲行政院決定，以最速件函送「行政院雲嘉南區聯合服務中心設置要點」要點中明定雲嘉南區服務中心地點設置於嘉義市，完全關閉台南市政府爭取設置大門，台南市政府無奈，再度表達遺憾。 台南市議會4月20日由正副議長賴美惠、郭信良及新營區議員提案，經台南市全體議員連署附議，建請台南市政府積極向行政院爭取「雲嘉南區聯合服務中心」設置於台南市新營區。台南市議會對於聯合服務中心將設置於嘉義市之新聞訊息，引起地方民意不滿，現正值定期大會會期的臺南市議會，為此特地於4月20日下午變更議程回復大會，提出臨時動議案討論建請市府極積向行政院爭取「雲嘉南區聯合服務中心」設於台南市新營區，如此強大民意的發聲，行政院竟仍堅持封閉溝通管道，令人遺憾。 台南市提案原台南縣議會大樓，具有便捷交通運輸網絡、最優質辦公空間及台南市議會議員朝野同心協力爭取等背景支持，台南市政府與市議會將再度聯手向行政院爭取之際，台南市政府於4月23日下午再度接獲行政院函知通過「成立行政院雲嘉南區聯合服務中心實施計畫」及「行政院雲嘉南區聯合服務中心設置要點」，對此完全關閉協商爭取大門之作為，台南市政府深感錯愕，也對於行政院違背雲嘉南區聯合服務中心設置宗旨及背離在地民意，再次表達深深遺憾。