尋求連任的總統馬英九，在兩岸政策上延續一貫主張，在中華民國憲法架構下，維持「不統、不獨、不武」的台海現狀，並在「九二共識、一中各表」的基礎下，深化兩岸制度化協商；兩岸「和平協議」則會先交付公投，得到民意的支持後才會推動。 在國防及國家安全上，馬提出「嚇阻威脅、預防戰爭」的國家安全最高戰略目標，本著「預防戰爭、保衛國家」的理念，推動國防轉型，依「汰舊換新、自我防衛及無法自製」原則，繼續爭取美國等國家軍售。 馬英九去年十月在「黃金十年」兩岸政策記者會上宣布，在秉持國家需要、民意支持、國會監督的原則下，未來十年內，將審酌推動兩岸商簽「和平協議」。 和平協議說法引來各方質疑，馬英九隨後一再修正並拋出兩岸洽簽和平協議的「十大保證」，強調一定會先將和平協議交付公投，得到民意支持後才會推動，且簽和平協議，絕不是為了兩岸統一。馬還宣稱，他的兩岸和平協議，未來四年都不太可能有機會推動。 針對兩岸領導人會面議題，馬英九說，如果他連任成功，不會在接下來的四年任期內，到訪中國與北京領導人會面。 對於蔡英文主張以台灣共識取代九二共識，馬英九反擊說，九二共識是兩岸關係非常重要的基礎，內容就是一中各表，一旦基礎抽掉，這幾年累積的兩岸成果也會消失。 馬英九說，台灣共識只是蔡英九用來迴避面對九二共識的障眼法，是愚民的政策。