臺北市政府表示，臺北市公共運輸處表示，為滿足大臺北東區民眾旅運需求，於臺北市東區規劃有市府與南港兩轉運站，相輔相成，缺一不可。公運處從未規劃以南港轉運站取代市府轉運站，目前亦未有將市府轉運站既有國道路線移轉至南港轉運站之規劃。 市府轉運站位於信義計畫區（商圈），連接捷運板南線市政府站，目前提供基隆、宜蘭及短程通勤路線為主。至於南港轉運站，位於高鐵之北端點車站與臺鐵南港車站旁，並連接捷運板南線南港站，加上緊鄰國道1號、3號、5號匯集處，聯外高快速道路系統完善，可有效滿足大臺北都會區東部（包含新北市汐止、基隆及東北部區域）民眾中長途之國道客運旅次需求。兩轉運站服務定位不同，未來將共同提供大臺北都會區東部民眾國道客運旅運服務。 公運處表示市府轉運站去（99）年8月5日正式營運以來，轉運人次在今年10月3日突破一千萬，原先預估每日客數約一萬人，但截至目前為止，平均每日達二．三萬人，最高紀錄是三萬六千人，營運以來明顯改善附近地區交通情況，證明民眾漸習慣利用大眾運輸及市府轉運站的成效，其重要性不可取代。南港轉運站目前仍在規劃中，預計103年取得用地後整體進行規劃。