台灣自來水公司表示：為維護民眾飲用水安全，掌握水源情況，提供安全飲用水，已針對全台20座水庫水源及20座淨水場進行微囊藻毒檢測，經與環保署環境檢驗所比對，檢測結果，原、清水都未檢出微囊藻毒，並無藻毒疑慮。 水質環保處長吳美惠表示，環保署委託財團法人成大研究發展基金會，針對曾文、牡丹等水質優養化較高的6座水庫與水質中微囊藻毒素含量進行調查結果顯示：每公升水庫水的微囊藻毒素濃度範圍都小於1微克(µg/L)；原水都小於 0.5微克(µg/L)。 檢測結果，每公升清水與配水管線水樣微囊藻毒素濃度也都小於0.1微克(µg/L)，低於世界衛生組織所建議每公升飲用水水質中微囊藻毒素的指引值1微克（1µg/L），顯示目前淨水場處理效果佳，可藉由水處理技術去除水中微囊藻毒。