雲林縣沿岸海域前經行政院於80年間核准編定公告為雲林離島式基礎工業區範圍 15,680公頃 ，85年調整為 17,219公頃 ，目前已開發完成麥寮區（台塑六輕），及新興區完成1/3部分填海造陸（約 290公頃 ），四湖區則處於完全未開發狀態。 縣長蘇治芬表示﹔雲林縣設立專用漁業權最主要目的在於協助淺海養殖業者於天然災害造成重大損失時，依法能獲得政府之救助保障，其與工業區範圍重疊部分之界定原則，係將重疊部分區分為1.前已獲得地上物拆遷救濟補償之養殖區；2.尚未開發且未獲地上物拆遷救濟補償之養殖區。前者已獲補償部分，依漁業權審查核發基準規定應逕予排除專用漁業權範圍。後者尚未獲地上物拆遷救濟補償救濟之養殖區，則應全數納入專用漁業權範圍，俾未來工業區開發時之地上物可獲拆遷救濟補償救濟以保障漁民權益。 農業處長呂政璋進一步說明，依據漁業法第15條第2項明定專用漁業權之申請者，以漁會或漁業生產合作社為限，縣府於98年底即初審完成雲林區漁會研提專用漁業權申請案件報請行政院農業委員會審核，該會表示雲林縣海域先前並未納入台灣沿岸海域專用漁業權整體計畫範圍，已積極辦理該計畫修正作業俾接續審查專用漁業權，目前已完成修正草案會商有關部會，俾釐清相關法律競合問題後，將可進行專用漁業權申請案之實質審查階段。