經過各縣市選委會開票結果，「馬蕭配」票數，贏了「長昌配」；第12任台灣正副總統，由鳥英九與蕭萬長這組合，當選。 中央選舉委員會主委張政雄，也在今晚8點宣佈：第12任總統副總統選舉當選人為國民黨提名的馬英九和蕭萬長。 在獲知自己當選與敗選後，馬英九與謝長廷，都向全國致謝與談話。而謝長廷也宣布他的敗選。這次下副總統選舉，1號的「長昌配」，共得票544萬5239票，2號的「馬蕭配」，共得765萬8724票。