第１２任總統副總統選舉投票日，彰化縣長卓伯源上午８時３０分與夫人一起前往設於田中國小的第７８３號投票所投下神聖選票。只領取總統大選選票的卓縣長，強調反對公投綁大選的一貫立場，因此未領投公投票，指出法官已明確表明公投綁大選於法不宜，但中央選舉委員會仍然堅持，令人遺憾，因此卓縣長只領投總統大選選票。 卓伯源與夫人２２日上午８時３０分，前往設於田中國小西側教室的第７８３號投開票所，與一般選民一起排隊驗證、領票、投票，過程中並一一與辛苦的選務人員寒喧致意，並等待縣長夫人圈選完畢後，一起將總統大選選票投入票匭。 對於只領投總統大選選票，卓縣長指出，公民投票是人民行使國家重大事項決策的神聖工作，但公投議題與內容設計仍有待改善，否則容易流於「二分法」導致盲點產生，無法反映中間地帶的意見﹔２００４年總統合併公投大選的爭議，承辦法官於選舉官司中即明確表明公投綁大選於法不宜，但中選會仍然堅持，令人遺憾，因此採取一貫立場，不領投公投票。