1021洪水災害過後，民眾易因接觸污水、污泥或環境積水病媒蚊孳生等，造成災後傳染病疫情，常見疾病包括：鉤端螺旋體病、類鼻疽、登革熱及腸道傳染病等。 依據行政院衛生署疾病管制局監測資料顯示，98年莫拉克風災過後，僅八月至九月間南部災區，就發生150餘例鉤端螺旋體病確定病例，其中1例死亡。鉤端螺旋體病是由鉤端螺旋體感染產生的疾病，而鉤端螺旋體經常是存在於環境土壤或污水中，人類可能經由皮膚及黏膜傷口，接觸到受動物尿液污染的土壤或水而得病，少部份因直接接觸動物及其組織而感染。宜蘭縣政府衛生局提醒民眾，災後清理家園時，務必做好手部、腳部防護，穿著雨鞋或防水長靴、配戴防水手套及口罩等個人防護措施，工作完畢或裝備卸除後，仍應以清水及肥皂洗手，避免感染。 衛生局同時籲請臨床醫師，如發現病患出現鉤端螺旋體病的臨床症狀，且個案於發病前一個月內，曾有接觸動物、野外活動或暴露可能遭受污染之環境（如污水、溼土等）等流行病學相關條件，即應懷疑罹患鉤端螺旋體病，應立即通報衛生單位，並給予適當治療。民眾若有災後防疫相關問題，可參閱疾病管制局網站或撥打防疫專線洽詢。