針對外界質疑「易淹水地區水患治理計畫」預算中要蓋辦公大樓一事，水利署表示，「易淹水地區水患治理計畫」中，絕對沒有要蓋辦公大樓，而是要建置「區域防洪指揮中心」，因為防洪指揮是治水工作的神經中樞，治水工程完成後，在颱風來臨時，仍然必須掌握水情資訊及區域性指揮調度，建置「區域防洪指揮中心」的目的，是要更早掌握河川水位等水情資訊、同時增加調度抽水機的應變能力以提早發布淹水警戒，讓民眾事先避災、防災以保障身家性命，因此「區域防洪指揮中心」是治水工作中非常重要的一環。 水利署說，在「易淹水地區水患治理計畫」第二期特別預算中，水利署在防洪指揮中心原本編列2.9億元的預算，也獲立法院在審查時核定通過，該署並於計畫審查時檢討刪除不必要支出後，以2.6億執行。 而去年莫拉克災後，經建會於今年7月8日審查「易淹水地區水患治理計畫」時，更特別要求辦理非工程手段的防災措施，因此才會在第三期特別預算中，延續編列1.5億元，該筆預算之重要性早已獲得肯定。 由於「區域防洪指揮中心」與治水工程是防範淹水的樞紐，攸關防汛搶險的成敗關鍵，所以該筆經費才會在「易淹水地區水患治理計畫」中，以特別預算的方式編列而非年度公務預算的方式提出。 水利署說，針對「水」之份量，攸關2,300萬民眾之身家性命也關係到社會福祉及國家之安危，治水經費之編列在朝野一致共識下，從民國95年立法院通過1,160億分8年三階段實施之款項，也確實發揮其功效，從淹水之時間、面積、深度都顯現其走過之痕跡及腳印烙印在台灣的每塊土地上。