中科三、四期環評，法院接連判環保署敗訴，並要求暫停執行開發，環保團體質疑法院早已要求撤銷環評，環保署卻未要求停工，因此要求環保署長沈世宏下台。 沈世宏表示，這是制度問題，法院不了解環評制度及精神，才會有這樣判決，環保署將提抗告，他也不會下台。 沈世宏說，中科三期一案，最高行政法院的判決介入了環境影響評估機制中專家見解，這是法院不了解環評制度，邀集相關領域專家討論，謀求共識的精神。 法院判決書中提到環評第一階段公眾參與不足，其實在他任內推出了環評「專家參與」機制，受開發行為影響的民眾可推薦自己信任的專家，參與「專家會議」表達意見，資訊很透明 ，蘇貞昌院長時代並無這樣設計，他做到了。 沈世宏說，他對環評制度是有貢獻的，現在批評他的環保團體，心裡都很清楚，以前難以參與第一階段環評，現在只要受相關團體推薦，就可參與環評，這種狀況比以前好多了，還到處攻擊他，不但別有用心，還常常顛倒是非，他不會下台。 他說，中科三期開發案已完成環評審查程序並公告審查結論，事後因訴願或行政訴訟撤銷環評審查結論，並不符合環評法第十四條及二十二條停工要件。 在法律沒有授權情況下，環保署只能將這項要求轉給國科會，由國科會決定是否停工。 沈世宏說，法院在中科三期的裁定有一個很大的漏洞，就是完全不談「行政程序法」，對開發單位的信賴保護原則；至於中科四期，目前已經通過環評，但是台北高等行政法院要求先暫停開發行為，更已介入環評專家裁量空間，也衝擊到環評制度。