臺鐵南科站於98年1月9日動工，為全台首座太陽能車站，也是臺鐵車站中，第一個由縣市政府代辦興建的車站；臺灣鐵路局與台南縣政府即將於99年7月14日(星期三)上午9時30分共同舉行「南科太陽能車站首航暨啟用典禮」。台南縣長蘇煥智12日上午於台鐵南科站舉行「台鐵南科太陽能車站首航暨啟用記者會」，新市鄉長鄭枝南、鐵道文化研究聯誼會會長杜榮昌等貴賓也應邀出席記者會。 蘇煥智表示，千呼萬喚的台鐵南科通勤站即將舉行正式通車典禮，7月14日當天的首航專車，南下專車將於早上8點26分由新營開往台南，途中8點51分抵達南科站；北上專車則由台南站8點36分出發開往新營。民眾可於當天早上7點30分起至新營、台南間各車站，索取首航紀念專車乘車證，憑證進站免費乘車。當天也將在南科車站發售紀念車票、月臺票及郵票，值得珍藏。 蘇煥智進一步說明，南科太陽能車站採跨站式設計，民眾可以經由2樓大廳跨越東西兩側免月臺票，站體採建築整合太陽光電系統（BIPV）設計，於屋頂及部分候車棚頂部設置薄膜式太陽能光電板。太陽能產業目前是全世界都高度關心產業，縣府早在幾年前規劃南科特定區時就先看清未來趨勢，因此將此地建設為陽光電城（ Solar City）。未來南科管理局將提供免費的巡迴巴士，行經車站西側西拉雅大橋下以供上班上學的通勤族使用，縣府後續的目標是規劃完整的停車區及自行車租賃系統，達到節能減碳的環保作用。 新市鄉鄭鄉長感謝蘇煥智在任內大力爭取南科車站的設立，如今通車在即，台南縣市也即將合併升格為直轄市，因此這是關係到大台南地區都會區域發展的大事。南科車站的啟用等於是結合人文、科技和綠能產業的發展，不僅能帶動周邊成為觀光休閒的景點，也將是學生們教學研究的題材。 台鐵南科站通車之後預計每日停靠76車次，目前僅有區間車停靠，未來將視民眾需要再加以調整。待相關建設完工後，更可以由南科站搭車經仁德中洲站轉沙崙支線，直達高鐵台南站，交通更加便利。