雲林考區99年國中基測試務委員會主委學校國立斗六高中表示，第二次基測首日最後一節為寫作測驗，計有276人缺考，無人違規。 第二日測驗科目為數學及社會兩科，第一節數學科計有273人缺考，第二節社會科計有275人缺考，無任何違規事項。 各考場數學、社會兩節考試，狀況良好。該考區第二次基測報考人數為3,192人，缺考率約為9％。 7月20日寄發分數通知單、7月21日、22日分數複查及結果通知。 7月23至26日登記分發入學報名，雲林縣負責統一登記分發學校為西螺農工。 8月10日登記分發入學放榜。8月13日登記分發入學報到，考生多加注意。