對於行政院公投審議委員會，否決台聯ＥＣＦＡ公投提案，台聯黨主席黃昆輝表示，公審會侵犯中選會的職權，他要求公審會三天內道歉，且重新審理公投案，否則將提出越權瀆職的刑事訴訟，並附帶要求民事賠償。 黃昆輝說，由於公審會越權侵權相當明顯，他呼籲中選會不能做縮頭烏龜，要捍衛自己的職權，否則將到監察院控告中選會所有委員瀆職，怠忽職權。 行政院公審會執行秘書、中選會秘書長鄧天祐回應表示，台聯所提ＥＣＦＡ公投案的領銜提案人，可依法提出訴願及行政訴訟程序等行政救濟作為，甚至台聯若認為中選會與公審會的認知決定有衝突，也可據此主張提出訴願，不管是公審會或中選會，都將尊重當事人的意思表示。 有關公投法的主管機關問題，黃昆輝說，公投法第三條明訂，全國性公民投票之主管機關為行政院。同法施行細則第十三條規定，全國性公民投票之主管機關，得將該法規定應辦理事項，委任或委託相關機關辦理。 黃昆輝說，中選會在五月五日給他的函上寫得非常清楚，「行政院九十四年四月十六日院台內字第0930083141-A號公告，行政院原辦理公投法第九條第一項及第十四條之事項，……自九十三年四月十六日起依規定委任中選會辦理。」 因此，公投法第十四條是由主管機關行政院委託中選會辦理，公投法第十四條的職權是在中選會，絕非在公審會，這是很清楚的。 黃昆輝說，公審會的職掌相當明白，就是認定該公投提案是否為「重大政策之創制或複決」，除此之外，都不是公審會的職權。 他說，公審會侵犯中選會職權，這是公然違法，如今中選會竟有官員自甘墮落，說什麼中選會是形式審查，公審會是實質審查，根本是完全錯誤理解公投法，這樣的官員還能認真執行中選會職權嗎？ 黃昆輝說，什麼形式審查、實質審查，都是欺騙人民混淆視聽的說詞，公務人員只有依法行事，中選會和公審會各有職掌，不是中選會用一個「概括承受」就可以蒙混過關的。