雲林考區99年國中基測試務委員會主委學校國立斗六高中表示，第一次基測首日最後一節為寫作測驗，計有139人缺考，有4位考生違規，分別於斗六家商、西螺農工、北港高中三個考場，其中有3名考生於監試委員測驗說明時間提早翻閱題本，1名則是在寫作時比起中指手勢。 第二日測驗科目為數學及社會兩科，第一節數學科計有152人缺考，第二節社會科計有155人缺考，共有1件違規事項，為北港高中考場，1名考生於社會科測驗中攜帶之手機由口袋掉落，經監試委員發現。其餘7個考場數學、社會兩節考試，狀況良好。