國防部三月中旬在一場討論是否廢除死刑的會議上提出結論，基於維持作戰紀律與防範軍人重大犯罪，國防部反對廢除死刑。 據了解，國防部已經函請法務部，依照「公民與政治權利國際公約」第六條規定，在兩公約的施行法增訂保留死刑的規定，或者是將此公約附加的「第二任意議定書」中有關第二條戰時保留死刑規定，納入未來公約施行法中規範。 台灣是否廢除死刑的議題在國內引起軒然大波，前法務部長王清峰為此事黯然下台，現任法務部長曾勇夫則表示沒有立場，而「逐步廢除死刑研究推動小組」也將召開會議進行討論；外交部政務次長沈呂巡在立院答詢時也提到，台灣若想爭取歐盟免簽證，死刑的存廢問題有可能會影響申請結果。 至於國防部，則是在三月十六日召開會議研討此事，據相關人士指出，與會單位除了國防部本部軍法司等機關外，各軍種司令部都派員參加，會議過程幾乎是一面倒地反對廢除死刑，尤其是作戰單位一致認為，若是沒有死刑的規範，無從維持作戰紀律。 國防部官員強調，作戰期間不是你死就是我亡，尤其在關鍵階段需要極大的勇氣參戰，甚至必須犧牲自己而成就大局，不可能完全期待人性的光明面讓官兵勇於犧牲，更不要說對於敵前叛變這種罪大惡極的行為一定要有所懲處，因此死刑的存在有其必要。 官員表示，國防部既然已經定調反對廢除死刑，也將在政府內部會議表達此立場，但如果政府最後仍然決定要廢除死刑，軍方仍將會爭取在戰時可以執行死刑的權力。