交通部高雄港務局馬公辦事處為維護小三通旅客團至澎湖馬公港客運碼頭的入出境作業順利，17日邀集移民署、關稅局、疾管局、防疫局、海巡署、澎管處、縣政府等單位進行協調分工，並請高雄港務警察局、澎湖縣警察局人員能協助進行港區周邊交通管制下，使入境至出境的旅客及遊覽車，都能井然有序完成通關手續，讓小三通旅客能方便快速進行澎湖觀光之旅。 高雄港務局馬公辦事處表示，臺灣航業公司所屬的「臺華輪」已向高雄港務局馬公辦事處申請99年3月19-21日廈門-馬公-高雄港的小三通及國內包船航線，19日22時30分載運台灣及澎湖旅客約41人由馬公港出境至廈門，20日再從廈門港載運大陸首發團旅客約674人駛往澎湖馬公港(15時30分到港)住宿旅遊，21日14時再駛往高雄港繼續臺灣環島之旅。 高雄港務局馬公辦事處表示，此次臺華輪19日為夜航至廈門港，旅客隔日清晨至廈門即可進行商務或旅遊活動，同時能兼顧國內及大陸小三通旅客，小三通大陸旅客在馬公均住宿旅館一晚，期望此種模式能增加馬公港的進出旅客數及促進澎湖旅遊業的商機。 另為迎接虎年搭客輪來澎湖中外遊客，高雄港務局馬公辦事處已在馬公港1號碼頭臨海側面設立「歡迎蒞臨中華民國澎湖馬公港」、「海洋旅遊最愛澎湖灣」等兩面大型中英文看板，使中外船舶及旅客進出馬公港時即可看見澎湖的歡迎熱情訊息，另行李手推車及旅客侯船室等相關設施也已配合整修完成。