行政院農委會去年開放50到100噸的雙拖網快速船進入台灣西南3-12海浬處海域進行拖網試驗調查，在當地漁民反對抗議之下，台南縣政府於去（98）年12月30日公告，禁止農委會指定的34艘漁船進入將軍漁港停靠。監察院日前提案通過糾正農委會及台南縣政府。台南縣長蘇煥智今（17）日召開記者會，表示禁止試驗漁船進入將軍漁港停靠是迫不得已的做法，並呼籲農委會即刻停止進行表、中層海域的拖網漁船試驗研究調查，讓整起事件早日落幕。 監察院的糾正案文指出，農委會委託50-100噸的拖網漁船，在原來禁止作業的3-12海浬間海域進行試驗，明顯是以試驗研究之名、行開放之實，破壞保育，已違反漁業法修法意旨。另外，台南縣政府的做法也違反漁業法的規定，並未考量該漁港內加油站、製冰場的民營業者的生存權利，監察院針對上述兩單位均予以提出修正。 蘇煥智表示，監察院針對農委會假試驗之名、行開放之實的糾正，顯示台南縣政府過去對農委會的指控是對的，農委會縱容拖網船濫補，該等試驗漁船98年9月到12月間，短短4個月的漁獲量，卻已超過西南海域全年的漁獲量，已經公然違反保育海洋資源的大原則。 至於監察院對台南縣政府的糾正，蘇煥智直呼「大人冤枉啊！」應該要負起最大責任的是農委會。過度漁獲不僅造成漁業資源的枯竭，台南縣漁民的漁獲量也不到平常的1/2，因此縣府禁止試驗漁船進入將軍漁港停靠也是迫於無奈，除此之外無計可施。雖然造成加油站、製冰場的民營業者的損失，但是有眾多漁民的生計受到威脅，兩害相權取其輕，只好禁止試驗漁船進港停靠。 蘇煥智再次呼籲農委會漁業署立刻停止這項試驗計畫，這樣才能讓整起事件早日落幕。