98年1月31日起有機農產品管理新制上路，當日以後製造且以有機名義販賣之農產品、農產加工品，均須符合農產品生產及驗證管理法相關規定，並依法查處。至於98年1月31日以前製造已上市者，其標示檢查基於國際經貿及實際業務運作，自98年8月1日起開始查處，98年有機農產品及其加工品品質檢驗合格率為98.6%，標示檢查合格率為95.5%。 縣府99年度將持續依據「農產品生產及驗證管理法」規定，加強辦理有機農產品及其加工品查驗工作，查驗結果如屬違反規定之產品，縣府將依該法進行查處，以維護本縣消費者權益。 依據「農產品生產及驗證管理法」第3條第10款所定標示之定義，係指農產品及其加工品於陳列販賣時，於農產品本身、裝置容器、內外包裝所為之文字、圖形或記號。同法第5條第1項及第6條第1項規定，農產品、農產加工品須經驗證（國內產品）或審查（進口產品），始得以有機名義販賣。未依規定驗證或審查合格之農產品、農產加工品標示有機等本國或外國文字或其他足使他人誤認之表示方法者，將依農產品生產及驗證管理法規定，處6至30萬元罰鍰。此外，尚有品名未標示有機文字、國產品未標示驗證證書字號及進口品未標示有機標示同意文件字號、未標示原產地及驗證機構名稱等，此類違反者，將處3至15萬元罰鍰。 縣府將不定期執行有機農產品及有機農產加工品標示檢查，如發現農產品經營業者將含有本國或外國「有機」文字之商標，標示於不符本法規定之農產品或農產加工品上，將依相關規定執行查處，以維護澎湖縣消費者權益。