為提升對國內幼兒的健康照護，99年3月1日起，將新增白喉破傷風非細胞性百日咳、b型嗜血桿菌及不活化小兒麻痺五合一疫苗，納入幼兒常規接種項目。該項五合一疫苗係將傳統三合一(白喉破傷風全細胞性百日咳)疫苗中全細胞性百日咳的成分，改為非細胞性百日咳，可大幅減少接種後出現發燒、注射部位紅腫等不良反應發生的機率，同時也因應小兒麻痺根除期程，改用不活化小兒麻痺疫苗(IPV)，並增加對b型嗜血桿菌(Hib)的免疫力，讓寶寶打一針，就能同時獲得針對前述五種傳染病的保護力，也節省家長多次往返醫療院所的負擔。 為提供幼兒更完善優質的疫苗接種服務，衛生署係依據傳染病防治諮詢委員會預防接種組之研議優先順序，並依法設立疫苗基金，於99年3月將五合一疫苗納入幼兒常規接種項目，同時取代現行傳統三合一疫苗及口服小兒麻痺疫苗。 五合一疫苗接種時程為幼兒出生滿2個月、4個月、6個月各接種一劑，並於1歲半再追加一劑。其係一種安全且有效的不活化疫苗，可與其它不活化疫苗(除與日本腦炎疫苗應間隔一個月)或活性減毒疫苗同時或間隔任何時間接種。部分幼兒於接種後1-3天，可能發生注射部位紅腫、疼痛，偶爾有哭鬧、疲倦等症狀，通常2-3天會恢復。幼兒接種後如發生特殊不良事件，請儘速就醫，並立即通報當地衛生所，以釐清病因。若有相關疑問或詢問指定接種院所，可洽詢當地衛生所或本縣衛生局，民眾通報及諮詢專線1922。 台南縣於99年3月1日起開放五合一疫苗（品名：巴斯德五合一疫苗）全面接種，該疫苗為由政府免費提供，凡於本縣31鄉鎮市衛生所接種不收取任何費用（含診療費及掛號費），其餘合約醫療院所可酌收掛號、診察等費用。 衛生局呼籲凡出生滿2個月、4個月、6個月、1歲半之幼兒(如非本國籍則父母任一方需具健保身分或持有居留證)，依接種時程前往轄區合約院所接種五合一疫苗，本縣各鄉鎮衛生所或指定之合約醫療院所接種名冊公布於網站。