儘管總統馬英九，要親上火線說明ＥＣＦＡ，但對於馬政府宣導逾一年的兩岸洽簽ＥＣＦＡ事宜，黨政高層不諱言，行政部門報告多有「報喜不報憂」的傾向，將比較多的精神放在宣傳ＥＣＦＡ的好處上，而簽署之後所引發的影響與衝擊，即使有說明，也未說清楚，導致在野黨與外界質疑不斷。 另，有黨內大老直言，馬政府在推動洽簽ＥＣＦＡ政策的過程中，最大錯誤就是「不夠坦誠」，才會讓人家覺得政府大部分時間都在宣傳ＥＣＦＡ的好處，但農民、勞工擔心的問題，卻始終說不清，這種心態不改，開再多的說明會都沒有用。 政院官員則澄清，政府從沒有說ＥＣＦＡ是有利無弊，而是強調ＥＣＦＡ的總體利益大於負面效應，而且已舉辦逾百場次與各界溝通的宣導說明會，包括相關可能受衝擊的產業，政府也已擬妥九百五十億元經費額度的因應配套方案，並透過不斷的說明，爭取民眾支持。 官員說，吳敦義也多次提及，政府不會只看到鮮艷的花朵，也看到會傷人的刺，不可能只說好不說壞的部分。 不過，黨政高層仍發出警語，指政府雖再三宣示不會開放中國勞工，也不會進一步開放中國農產品來台，但民間與在野黨派仍有相當的質疑聲浪，顯示政府的政策宣導，未能有效說服那些存有疑慮的民眾，且綜觀政府處理ＥＣＦＡ議題的過程，行政部門報告多有「報喜不報憂」的傾向，這也是ＥＣＦＡ爭議不休的主因之一，讓外界認為政府沒有將簽署ＥＣＦＡ的各項衝擊「攤開來講」，只在意宣傳ＥＣＦＡ的好處。 除黨政高層提出警告外，黨內大老直陳，馬政府宣傳ＥＣＦＡ非簽不可的聲音已經說得夠多也夠久了，甚至自認已將相關負面衝擊對外說明，但為何還會有「報喜不報憂」的質疑，就是政府沒有「誠實」地將簽署ＥＣＦＡ後可能帶來的衝擊，逐一細項地對外交代清楚，只要民眾覺得政府未坦誠將簽署ＥＣＦＡ的缺失說清楚，就不可能相信政府所說的話。