經濟部水利署表示：民國８７年以前德基水庫水質曾出現嚴重的優養化現象，近年根據監測結果顯示，狀況已有顯著改善，僅約１０至２０％時間水庫水質出現優養程度，其他時間則大都介於普養與貧養之間；顯示德基水庫集水區在水利署長期監測下；整體治理已收成效。 經濟部水利署說：配合辦理德基水庫集水區治理工作，為瞭解水庫水質優養程度，研判水質污染來源，供為推動相關治理工作之參考依據，持續長期在德基水庫集水區執行水質監測與管理計畫，監測成果顯現：水中目前多甲藻含量已相當低，近五年來各水庫斷面甲藻濃度每毫升低於１００個細胞，約有９０％以上時間每毫升低於３０個細胞，足見德基水庫水質優養化程度已趨緩和。 就水庫中水質之氨氮濃度而言，目前雖仍無法完全符合水質目標甲類水體的基準（０.１ｍｇ／Ｌ），近五年水質達成率約為６０至７０％，惟已有相當大的改善；總磷濃度若以甲類水體水質基準２０μｇ／Ｌ為目標，近五年水質達成率約為８０至 ９０％。 由監測結果研判，德基水庫集水區上游各支流及其沿岸的土地開發利用，尤其種植高冷蔬菜與果樹的施肥管理仍需要持續加強，特別是集水區內超限利用地宜早日改為造林，以削減水庫的污染負荷。 民國８０年６月２８日行政院核定「德基水庫集水區陡坡農用地(超限利用地)處理方案」執行以來，陸續收回或改正造林面積達４１０公頃，目前「德基水庫集水區原住民保留地超限利用地處理計畫」與「德基水庫集水區國有林班地陡坡農用地處理計畫」均仍持續辦理中。 自民國７２年起，水資源統一規劃委員會即開始辦理德基水庫水質監測工作，至民國８１年７月起開始執行之德基水庫集水區第三期整體治理計畫，業將水質監測及管理項目納入，後續第四期（８６年７月至９１年底）及第五期（９３年１月至９７年１２月）整體治理計畫亦持續由經濟部水利署辦理，每年按季監測未曾中斷，近年來更陸續增加採樣站點至３２站，包括集水區河川採樣１１站、入庫小溪流採樣１１站、德基水庫水域斷面採樣５站及出庫河川採樣５站等，透過長期水質監測瞭解整治計畫實施後對水質改善之成效，目前已有相當成果。 水利署表示：刻正執行之德基水庫集水區第五期治理工作，計畫期限至民國９７年底，為國土保安及水資源保育的需要，宜積極配合國土復育方案之推動，重新檢討建立有效的集水區管理制度，妥善規劃未來第六期整體治理工作計畫，以期有效控制水庫淤砂速率，確保水量穩定及改善水庫水質，提供中部地區充足水量與良好水質，並朝向水庫永續發展的目標邁進。