行政院陸委會針對報載「ECFA協商區對區，綠轟矮化」新聞指出，該標題誤導社會視聽，陸委會表示遺憾。 陸委會表示，副主委劉德勳在接受台北時報記者詢問「馬總統定位兩岸關係是區對區」時，從中華民國憲法及兩岸人民關係條例解釋兩岸關係。 而過去20個月，政府不斷強調中華民國是主權獨立的國家，520以來，兩岸4次協商所簽署的12項協議，都是在兩岸兩會的架構下進行，並秉持「對等、尊嚴」原則，絕對沒有自降國格、自我矮化的情形發生。 陸委會說，現在正在推動的兩岸經濟合作協議也與前12項協議一樣是兩岸兩會架構下的經濟協議，根本不會自降國格、也不會自我矮化。 這種兩會制度化協商的模式在李前總統時代也進行過，就是「辜汪會談」，也簽署過協議。 陸委會說，現階段兩岸關係係依循中華民國憲法增修條文第11條，及立法院制定通過的臺灣地區與大陸地區人民關係條例的規定，明文兩岸為臺灣地區與大陸地區。 到目前為止這樣的規定並沒有作過改變，不管是過去李前總統、陳前總統時代，或是到了馬總統都是一樣，都沒有改變過此一規定。 換言之，兩岸關係是依據中華民國憲法的基本架構，及立法院審議通過的法律規範，並不是來自於哪一個總統的定位。 陸委會說，兩岸關係有其特殊性，現階段雙方秉持「擱置爭議、追求雙贏」理念進行互動與協商。 兩岸經濟合作協議是協商兩岸經濟合作事項與範圍，不涉及主權與統獨等政治議題，陸委會呼籲各界應該單純化看待兩岸經濟合作協議的協商，政府也絕對會在「以台灣為主、對人民有利」的前提下，維護國家及全民之權益。 同時，陸委會也重申，兩岸經濟合作協議協商過程中，政府會做到高度透明化、充分向各界說明，簽署後也將送立法院審議，落實國會高度監督。