美牛修法爭議，在立法院三讀後塵埃落定，國民黨團藉此呼籲，基於一事不二議原則，美牛公投案已無舉行的必要。 民進黨團則認為這次修法，象徵國會對行政部門的不信任投票，馬英九總統應道歉，國安會秘書長蘇起應下台。 美牛公投案目前已送行政院公投審議委員會審議，公審會七日將開會認定提案是否符合公投法規定，通過審查後，才能展開第二階段連署。 當初幫國民黨團掛名領銜提案「三管五卡」入法的國民黨立委孔文吉，在院會通過修法後，發言向當初參與連署的藍委道歉，強調修法結果證明立法院不是行政院的立法局、橡皮圖章，並呼籲行政機關應引以為鑑。 國民黨團書記長呂學樟表示，國會修法旨在化解民眾疑慮，如今既然已經確定，台美間勢須重啟談判，民間發起的美牛公投案，已無積極意義與必要性，應停止推動。 他說，國民黨團願意尊重人民發起公投的權利，如果未來公投有結論，政府還是會遵從。 民進黨立委賴清德說，美牛修法結果是人民的勝利，馬英九應該為美牛修法所引發的爭議公開向人民道歉，在背後一手主導台美談判的國安會秘書長蘇起應該知所進退，行政部門也應該接受國會決議，要求與美國重啟談判。 立委蔡煌瑯表示，這次修法等於是國會對馬英九主導的國安系統投下不信任票，推翻過去由蘇起一手主導的台美牛肉議定書，如果因此產生國際誠信問題，應該是馬英九個人的問題，無關台灣人民。