莫拉克颱風重創南台灣，造成水庫嚴重淤積，加上台灣正值進入枯水期又該地區自98年9月以來天旱不雨使得南部拉起缺水警報，同時政府也提昇至國安層級因應，並籲請民眾節約用水一起抗旱，以渡過缺水之危機。 針對南部地區曾文及南化水庫於莫拉克颱風後大量淤積，及去年9月以來降雨偏低造成供水嚴峻問題，水利署除積極推動節約用水外，亦已會銜農委會公告曾文-烏山頭灌區99年一期作停灌；並配合高雄地區增加備援地下水由每日20.5萬噸增至40萬噸，以因應短期缺水問題，但長期之策略新水源開發則是重點之工作。 該署副署長吳約西也表示，除前述短期策略外，經濟部刻正研擬曾文、南化及烏山頭水庫整體治理計畫，以強化集水區保育、水庫清淤及設施更新改善等，確保曾文、烏山頭及南化水庫永續利用，並將檢討推動高屏大湖等水資源工程，以增加南部區域供水穩定。 吳約西表示，水利署為尋覓水源已在多年前數管齊下，像海淡廠之推動、再生水之回收利用，目前全台計有台中福田等9個廢污水廠，每年可處理18.2萬噸工業廢水及家區污水，同時也積極推動節約用水SCD也就是省水查漏、做回收，並鼓勵民眾採用省水標章的產品，並在缺水地區辦理節水墊片之發送作業，也從今年1月起試辦節約用水享受節水之優惠折扣。 水利署表示，雖然台灣年降雨量超過2,500公厘，但卻是全球第18個缺水國家，如何擺脫高缺水風險並建立永續穩定之水資源環境，長久以來一直是水利政策的重要綱領，南台灣倘進入枯水期南部地區又比北部地區供水更是不確定性，爰積極在南台灣尋覓新水源確為長期以來穩定經濟命脈的重要選項，水利署也瞭解這是一項極限任務，但只能提出諍言更盼全民洪識。 面對未來可能發生之乾旱，水利署也籲請全國、全民、全面大家全方住的皆參與節水等行動，同時也會持續監控水情，也會採取相關調配及節水措施因應，並朝不影響民眾及工業用水之目標而努力。