南投縣政府表示，為協助輔導宗教團體位於非都市土地內已違規開發或使用之宗教建築物合法化，縣政府已依據「內政部非都市土地申請變更作為宗教使用專案輔導合法化處理原則」，訂定「南投縣非都市土地申請變更作為宗教使用專案輔導合法化輔導措施」，凡於93年10月12日前已存在之宗教建築物，符合相關規定之寺廟得隨時提出申請列入專案輔導合法化。 縣府表示，符合下列規定之寺廟得隨時提出申請列入專案輔導合法化： （一）有既存違規使用之事實，且其違規使用行為經主管機關依法處罰者。 （二）違規使用之土地非位於禁建、限建區域，並須臨接建築線。 （三）申請輔導合法化之土地面積與實際使用面積相符。 （四）山坡地範圍之土地無非都市土地使用管制規則第49條之1第2項各款規定不得規劃作建築使用情形之一者。 （五）如為農業用地不得影響附近農地利用及農業生產環境。 民政處表示，依規縣府受理寺廟申請專案輔導合法化案件後，即由各有關單位會同實地勘查，並於3個月內將審查結果通知申請人，凡經同意列入專案輔導合法化者，再於3年內續依「南投縣非都市土地申請變更為宗教使用事業自治條例」提出興辦事業計畫案，申請用地變更編定。 又鑑於第2階段申辦興辦事業計畫除須多附宗教事業規畫書外，其他文件與第1階段專案輔導合法化大致相同，縣府現將兩階段程序簡化合併為一階段辦理，則不必重複檢具文件、重複會勘，又縮短權責單位審理程序，更符合便民原則。 依據前述規定，南投縣宗教團體非都市土地變更作為宗教使用專案輔導合法化階段與興辦事業計畫階段，即日起可併案申辦，預期將有效縮短審查時程，迅速核准其興辦事業計畫，完成最終合法化目標。縣府籲請符合上述要件之補辦登記寺廟或尚未辦理寺廟登記之寺廟，儘速提出申辦。