11月5日衛生署及農委會發佈證實台東一養豬場豬隻感染H1N1新型流感，該案證實為由人傳豬案例（懷疑由境外感染後傳染）。除台東養豬場外，全台其他地區並未傳出豬隻感染H1N1新型流感，台南市動物防疫所11月6日立即安排養豬業者研商防疫對策，杜絕病原傳入台南市。 台南市目前有27場豬場，約有9291 頭豬隻，自88水災後防疫重建工作陸續推動中，尤以場內外消毒工作密集進行，已累積消毒豬場180場次，血清監測2場及疫情嚴密監控中，至今目前無H1N1類似疫情發生，亦無動物大量死亡疫情。 台南市動物防疫所所長李朝全說，11月6日立即安排養豬業者研商防疫對策，杜絕病原傳入台南市；啟動防疫人員嚴密訪視監控養畜場疫情狀況，隨時報告疫情狀況；消毒工作以豬場及高危險場優先密集消毒，並擴大道路周邊消毒。市府並發函通知畜禽業者加強門禁管制及H1N1應行注意事項，避免與發生疫區高危險群人員接觸。指示加強肉品市場監控，查緝不明來源及無防疫健康證明豬隻進入市場。 防疫所再次呼籲各畜禽畜牧場應做好人員衛生安全措施，落實人員基本生物安全操作，包括：完成流感疫苗免疫、入場前洗手、更換工作衣鞋，維持牧場通風、必要時使用口罩等措施，並每日對其從業人員或可能進場的人員進行健康管理，若人員出現類流感症狀，如發燒、咳嗽、身體疼痛、有時嘔吐及下痢，應避免其入場作業，安排其儘早休息並避免接觸畜禽。畜牧場應時時檢討各項生物安全管理作為，及配合主動採樣監測，發現飼養畜禽出現呼吸道症狀時請主動向防疫所，防杜疫情蔓延。 防疫所強調，世界衛生組織（WHO）專家說，人類不會因為跟豬肉接觸而感染豬流感，而且豬流感病毒在超過攝氏70度的高溫下就會死亡，因此豬肉煮熟並無感染之虞，請放心食用。