中科四期廢水計畫排入濁水溪案，引發雲林縣政府及民間各級團體、民代以及社會人士等關切，表達反對立場，自發性發起連署活動，並北上環保署，強烈反對及抗議，雲林縣政府也表示，中科廢水不管由濁水溪自強大橋旁或在出海口潮間帶排放，均會嚴重危害雲林的農漁產業及生態，雲林縣政府也重申反對廢水以任何型式排入濁水溪。 雲林縣長蘇治芬今日率同多位主管在雲林縣籍立委劉建國、許舒博、張嘉郡及民進黨籍多位立委陪同下，至行院拜會院長吳敦義，針對此案向吳敦義提出報告，並強烈要求廢水絕不能排放至濁水溪。吳敦義在聽取意見後，也口頭承諾中科廢水絕不會排放至濁水溪，並將以放流管向海延延伸3公里進行排放。對於吳敦義的承諾，蘇治芬也代表所有雲林人表示感謝之意，另對於不同黨籍的二位立委，不分藍綠能以全縣福祉為考量，共同來發聲，也表達感謝之意。 會中做成幾點結論：一、承諾中科廢水絕不會排放至濁水溪，將以放流管向海延伸3公里方式進行排放。二、請行政院秘書長於10月30日之前邀集環保署、中科管理局及雲林、彰化二縣共同會議協商。三、有關中科廢水排放做為國光石化用水案，應再行評估。四、對濁水溪出海口雲林、彰化沿海的養殖、漁業及生態應進行環境影響評估。