98年9月30日下午15時起，台南地檢署檢察官結合南區環保警察隊、台南縣警察局玉井分局、環保署南區督察大隊、台南市環保局、台南縣環保局執行擴大稽查行動，針對二仁溪、鹽水溪流域之事業工廠進行重點稽查水污染及廢棄物污染，總計稽查22家、採水7家、告發2家、現場移送法辦1家，藉由這次強力稽查行動，昭告不肖違法業者，法律無假期，中秋節前夕，執法機關仍依法嚴辦違法情事。 環保局局長江世民指出，當日由台南地檢署檢察官坐鎮帶隊（南區環保警察隊、台南縣警察局玉井分局、台南縣環保局）於新市鄉查獲1家從事其他廢棄物處理廠（場）之違章業者，未遵行台南縣政府之全面停工命令而逕行動工從事生產作業，稽查人員依違反水污染防治法第38條規定於現場將負責人、作業員工等立即移送法辦，將處負責人1年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣20萬元以上100萬元以下罰金。另於新市鄉再查獲1家從事其他廢棄物處理廠（場）之違章業者無廢水排放許可證而排放事業廢水，現場採樣送驗並告發業者違反水污染防治法第14條規定、違反事業廢棄物清理法第39條規定，合併上述二法總計至少處罰新台幣6萬6仟元以上60萬元以下罰鍰。另台南市環保局配合環保署南區督察大隊於安南區查獲1家金屬表面處理業者無廢水排放許可證而排放事業廢水，現場採樣送驗（其中PH=2.0，標準6－9）當場告發業者違反水污染防治法第7、14條規定，至少處罰新台幣6萬元以上60萬元以下罰鍰，若廢水中有害健康物質超過放流水標準者，將移送負責人法辦。 江世民表示，仍將繼續鎖定高污染業者（包括電鍍業、金屬表面處理業、皮革業、化工業、廢棄物處理業等）持續的執行全面擴大稽查，以改善大台南地區的河川水質並維護大台南地區公民大眾的健康，最終達成大台南地區整治河川的目標，懇切的呼籲業者朋友們，切勿心存僥倖心態而違法排放廢污水，亦請民眾主動關懷環境，若發現任何污染行為，請立即通報環保局。