全國治水會議定於週日揭幕，但芭瑪米勒雙颱卻虎視眈眈讓今年的中秋「月」難見，水利署表示，針對濁水溪以南之中央管河川共11條水系已加強緊急疏通，以避免再度受傷害，同時也會注意各排水口的砂石清淤。 針對地方政府因應的治水議題及訴求，水利署也指出，在經費上將移緩濟急調撥161億元優先辦理治水工程，同時對於治水權責亦將研提成立流域管理局並研訂規劃並報行政院核定「行政院重要河川流域管理協調會報設置及作業要點」，以利推動河川流域綜合治理。 水利署說，莫拉克颱風二、三天即降下超過台灣地區年平均雨量的超大豪雨，導致中、南部中央管河川上游集水區多處林班地、山坡地崩坍、沖蝕的土石爆天量，高達約6,064萬立方公尺以上土石嚴重淤積中下游河道，影響排洪危及沿岸民眾安全，該署已全力加速疏濬，預計以99年5月汛期完成急要段2,000萬立方公尺的土石疏濬為目標趕辦，其餘則至100年底前完成，以確保河防安全，又鑑於秋颱將至，對於部分淤積河段更會加強疏通。 此外，水利署除已加強編列中央管河川治理經費外，另將依災害嚴重地區復建之需要，以移緩濟急原則調整計畫項下治理工程之優先順序滾動檢討調整因應並全力執行。 對於8年治水特別預算，目前該項計畫已進行至第2階段，各項治理工程皆須考量系統整治並透過整體性規劃研擬整治方案，經過嚴謹審查過程始展開工程發包施工，尤其地方政府仍應本權責由自有財源中籌措經費加速治理，以有效降低水患威脅。 對於近年來，全球氣候變遷異常極端水文現象頻仍，為積極掌握各項水情資訊，以迅速有效的方式提供災害常發生地區洪災預警資訊規劃避難路線，並肩負預警、監控、通報與訊息彙整，將洪災損失降至最低，水利署也表示，防洪預警系統建置刻不容緩。 未來曾文溪預警報系統工作計畫分三年執行，總經費計一億元，水利署說，近期間擬強化既有警報系統及辦理必要改善，於3個月內辦理完成，並配合曾文溪治理專案計畫治理完成以達到防洪減災之效果。 水利署說，秋颱攪局讓今年八八水災受創地區民眾倍感壓力，該署除針對南部地區淤積河段進行緊急疏通與河道疏濬外，也會加強防災演練，讓災損降低至最低。