對於目前依「經濟部水利署中央管河川局部河段許可縣市政府辦理疏濬兼供土石作業要點」，而由縣府所擬具濁水溪玉峰橋至集鹿橋下游疏濬計畫書及濁水溪寶石橋上下游河段疏濬計畫書送經濟部水利署第四河川局審查，相關疏濬計畫業已於9月28日，由經濟部水利署第四河川局召開審查會議審查，審查原則修正後通過，縣府預計將會在11月辦理疏濬作業。 工務單位說，濁水溪寶石橋上下游河段疏濬作業，預計疏濬100萬立方公尺土石，另濁水溪玉峰橋至集鹿大橋下游界點河段疏濬作業，預計疏濬350萬立方公尺，2案預計辦理疏濬作業期程為98年11月1日至99年8月31日。 另，疏濬工法以河道中央槽化、各工區深槽需以連貫為原則，並將疏濬區內之大粒徑塊石，以設計拋填塊石方式堆置排列於堤防、護岸腳等適合位置，以保護河防構造物。 另據指出，莫拉克颱風後，濁水溪水系各河段淤積明顯，經濟部水利署第四河川局除於98年8月21日邀集水利署、交通部公路總局第二區養護工程處、信義鄉公所、水里鄉公所、集集鎮公所、竹山鎮公所及縣府等有關機關召開「有關莫拉克颱風後濁水溪水系各河川辦理疏濬事宜協商會議」。 會議中，討論多處需辦理緊急疏濬之河段，其中濁水溪寶石橋上下游河段及濁水溪玉峰橋至集鹿大橋下游界點河段，係由南投縣政府規劃辦理疏濬作業。