南投縣政府表示，針對莫拉克颱風台16線省道11K集集-水里路段路基流失，民眾墜溪死亡失蹤事件，南投縣政府除輔導罹難者家屬請求國家賠償外，對於該案進入司法程序，表示尊重調查結果，對於不具公信力、企圖混淆視聽的說法，縣府不予回應。 縣府表示，為協助莫拉克颱風台16線省道11K集集-水里路段路基流失、民眾墜溪死亡失蹤家屬，縣府曾邀請財團法人南投法律扶助基金會及地檢署犯罪被害人保護協會南投分會，於水里鄉公所大禮堂輔導民眾申請義務律師，進行國賠程序。 副縣長陳志清也於會中轉達縣長李朝卿，關懷受難家屬的心意，並懇切希望民眾在法定時效內，依法提出國家賠償請求，以確保自身權益。 對於該案進入司法調查，縣府也希望儘早釐清責任，並尊重調查結果。 縣府說，莫拉克颱風警報發布後，縣府在第一時間成立防災會報，8月8日晚上由縣長李朝卿主持災害應變中心會議，並且和中央連線，全案有錄音、錄影可查。 8月9日凌晨發生台十六線路基流失民眾失蹤事件後，當天上午縣長李朝卿立即會同立委林明溱、前立委吳敦義等人前往現場勘災。 據了解，李朝卿8月8日當晚，曾到同天宮、史港里受鎮宮上香，祈求上蒼保祐縣民平安，他並和民眾互動，希望注意防颱，做好應變工作，當晚他也在南投防災中心，主持會議，為防災工作而奔波，至於台十六線車墜溪意外事件則是在8月9日淩晨發生。 對於「濁水溪集鹿大橋至玉峰橋河段疏濬」，這項計畫執行實際收入約1億餘元、支出約3千多萬元，且砂石收入是做為國中小免費營養午餐經費，外傳有所謂的龐大利益，這種說法根本不足採信。