莫拉克颱風二、三天即降下超過台灣地區年平均雨量的超大豪雨，導致中、南部中央管河川上游集水區多處林班地、山坡地崩坍、沖蝕的土石爆天量，高達6,064萬立方公尺以上土石嚴重淤積中下游河道，影響排洪危及沿岸民眾安全。 水利署表示，全力加速疏濬預計於99年5月汛期以完成急要段2,000萬立方公尺的土石疏濬為目標趕辦，其餘則至100年底前完成，以確保河防安全。 水利署說，風災過後經過實地踏勘初步統計包括濁水溪約有1,500萬立方公尺、八掌溪289萬立方公尺、北港溪365萬立方公尺、朴子溪174萬立方公尺、急水溪96萬立方公尺、曾文溪534萬立方公尺、鹽水溪13萬立方公尺、二仁溪20萬立方公尺、高屏溪3,000萬立方公尺、東港溪40萬立方公尺及卑南溪33萬立方公尺等11水系河道長度約110公里均造成嚴重淤積，合計約有6,064萬立方公尺以上的土石淤積量，量大、距離長、河道泥濘，疏濬遭遇空前難題，包括中上游山區大量崩坍土石下移對下游之影響、河川內私有地處理經費龐大且費時、河川渲洩洪流，疏濬受地形天候影響風險高等問題，就連疏濬土石載運交通也是問題，一般道路影響環境交通易遭抗爭、便道汛期間易遭沖毀，也會影響土石外運進度。 使得疏濬工作困難重重，不過該署將竭盡全力克服困難，以簡化河川局辦理疏濬作業程序、簡化許可縣（市）政府協助辦理中央管河川疏濬程序規定，預計將較原作業期程縮短3至4個月、跨部會問題提重建會協助處理、中央與地方共同參與疏濬、河川砂石便道規劃、疏濬復建用地加速處理等提升疏濬效率的作業方式切入，加速疏濬的進度。 水利署說，另外河川高灘地上漂流木的清除也是一大困擾問題，所幸9月8日由政務委員蔡勳雄主持的會議中處理原則已定，由農委會會同經濟部協調委託各該縣（市）政府辦理，經費則由農委會及經濟部共同籌應，這部分農委會已展開漂流木清除工作，也可一定程度的降低河川疏濬的困難度，並有助於河川公地農民之復耕。 水利署說，因尚處汛期間為減少二次災害情況發生，已先就瓶頸急要河段緊急辦理河道疏通工程，總計近57公里，目前已完成169萬立方公尺疏通量，其中尤其是高屏溪水系災情較重，規劃辦理約41公里疏通作業，也已完成113萬立方公尺疏通量。疏濬部分，則積極展開近46件疏濬作業，規劃疏濬量逾2,400萬方公尺，並持續檢討增辦，目前已有15件施工中，其餘預計9月下旬及10月間陸續開工，對於執行進度的掌握也會定期控管，並不定期召開會議檢討落後原因及協助各所屬河川局因應解決困難問題，將可依限完成疏濬及復建作業。 水利署說，災後雖然中央管河川疏濬困難重重工作艱鉅，不過絕不會推諉或搪塞，災民身處危難若不儘速展開清疏，對不起社會大眾，也能瞭解民眾等不及的心情，像日前大樹鄉高屏溪攔河堰至斜張橋段，該署第七河川局其實就已發包20萬立方公尺清疏、鹽水溪部分預計疏濬1.5公里13萬立方公尺，用地費及相關經費一經取得，也即可展開辦理疏濬工程，然仍被吐糟太牛步化。 另外，如縣長楊秋興視察茂林濁口溪多納溫泉地區已在河川界點以上，其清疏工作已非屬該署權責，但仍被寄予厚望，要求加入商討疏濬，這些期許與關注該署都會視為策勵，竭力完成八八水災災後中央管河川疏濬與復建工作。