台南市稅務局配合臺南縣市合併升格，積極與台南縣稅務局研討合併相關事宜，雙方組成作業小組，輪流召集會議，針對差異性工作進行協調，第一次於8月19日在臺南市稅務局召開，確認雙方改制作業期程，並以臺南市稅務局為主要辦公地點，縣市稅務局皆認為稅捐機關改制後應列為一級機關，較符合現階段之業務需求。另相關組織架構及人員配置將於本（9）月17日於臺南縣稅務局召開第二次會議，做進一步研商。 日前臺南市政府人事處陳副處長清憲率同人事處主辦同仁，至臺南市稅務局舉辦縣市合併改制直轄市組織架構及員額配置說明會，提及合併後直轄市稅務局改隸屬財政局為二級機關，係參考現行北、高兩直轄市架構，惟在99年3月內政部最後定案前縣市雙方尚可討論。 據臺南市稅務局參加說明會人員，在會中激烈表示，一、稅捐稽徵工作既繁又重，並具高度專業性，財政局要強行介入領導，專業令人質疑，且每年開徵各地方稅數量達數百萬件，業務量大，合併後所需人力為415人，豈是財政局所能管轄，二、層級節制，降低行政效率，影響稅捐稽徵業務推動，亦不符合當年精省後，地方機關組織扁平化之原則，況且民國56年台北市改制之組織架構，已不符合現今政府之規模；三、地方制度法修正後，地方職務列等研擬提高，直轄市稅捐機關職務列等低於其他縣市政府稅捐機關，人員士氣必受影響，恐難以留住人才。 陳清憲會中答復合併後直轄市稅務局爭取設置為一級機關可由台南縣市稅務局提建議案，陳報縣市合併溝通平台討論，另合併後直轄市稅務局內部單位組設在總員額範圍內，只要縣市稅務局雙方就業務及為民服務層面予以考量，並達成合意，市政府會予以尊重。