莫拉克颱風過後，因為畜殖場環境汙染，是造成疾病防疫最大隱憂，屏東已傳出有災民感染鉤端螺旋體病的情形，由於鉤端螺旋體病是一種人畜共通傳染疾病，台南市動物防疫所籲請災區民眾切勿赤足暴露在污水、淤泥中，務必做好個人防護，以確保人身安全。 防疫所於莫拉克颱風後，進行牧場三階段防疫消毒已於8月執行完畢，成效受肯定 ；9月開始全面啟動災後重建工作，嚴密監控新疫病發生。 由於鉤端螺旋體病能感染的宿主範圍相當廣泛，包括如牛、馬、羊、豬、犬等以及齧齒類，甚至包括一些野生動物也會受感染。病人將造成腎臟慢性感染並且由尿液大量排菌。病原在接觸消毒劑、高溫及乾燥時均極易被殺死，惟在鹼性停滯死水或潮溼土壤中可存活數週之久。人或動物會經由接觸受病原菌污染的水或食物而受到感染；當於戶外工作、運動如游泳或戲水時，病原可經由皮膚傷口、口鼻咽黏膜、眼結膜或生殖道黏膜感染。請災區民眾切勿赤足暴露在污水、淤泥中，務必做好個人防護，以確保人身安全。餘請參考「人畜共通傳染病臨床指引」。 台南市於清運屍體及消毒防疫得當，尚無上敘疫清發生，惟最近適逢季節交接之際諸多疾病蠢蠢欲動，如牛流行熱、豬瘟、口蹄疫、禽流感、等重大疾病伺機而動，防疫所呼籲災區養畜殖戶應提早做好防範措施，除繼續對安南區、南區、養畜殖場擴大消毒外，並派出防疫員分區監督訪視嚴密監控疫情發生，首波禽流感監測報告出爐皆陰性。 防疫所再次呼籲全市養畜殖戶如有疫情或動物異常死亡請立即通報防疫所2130958或24小時防疫專線2131429。