風災後各界抨擊聲不絕於耳，點名政府多名首長應下台負責，原本傳出內閣僅僅「微調」，但劉兆玄下午親主持記者會，對外表示，責任他將一肩扛以示負責，週四將率領內閣總辭。 劉揆表示任內多事之秋，事情繁瑣，但88風災的相關責任，他願意一肩扛下，也親口向馬總統請辭，雖然總統數度慰留，但劉揆辭意甚堅，所以最終准了他的請辭請求。 雖然離開了行政團隊，不過劉揆仍相當擔心行政團隊救災重建進度，風災後，宗教、民間團體投入甚多，劉揆也代表政府向他們表達感謝之意，最後，劉揆不戀棧職位，娓娓道出他心中的盼望「天佑中華民國，天佑台灣人民」。 至於接替他的人選，劉揆隻字未提，只簡單發表了個人任內的談話後，隨即匆忙離去，僅表示週四(10日)將會率領內閣總辭，向全民負責。