台南縣政府表示，88莫拉克颱風造成台南縣漁業損失慘重，雖經農委會公告為現金救助之地區，惟依農委會所訂之農業天然災害救助辦法規定，魚塭養殖業者申請現金救助，需檢附養殖漁業登記證、水權狀及放養量申報等三文件始能獲得全額之救助標準，缺一者只能領一半的金額。 台南縣漁業災損高達七億多元，經統計有11,704公頃之魚塭，依98年6月30日放養量申報資料，僅有1,503公頃之魚塭領有水權證明，縣內萬餘公頃之養殖漁溫，未取得水權證明，致無法獲得全額現金救助。 縣長蘇煥智對這次養殖魚塭災損如此嚴重，只因為漁民無水權狀即無法獲得全額現金救助，耿耿於懷，積極協助漁民向中央極力爭取。 縣府於98年8月25日即發文給農委會，建議申請現金救助時，無須檢附水權證明，以確實照顧受災漁民。 另於98年8月31日再次行文農委會，認為可由漁民自行切結證明自身沒有超抽地下水，即可符合規定，無需再檢附水權狀。縣長針對無水權狀爭取全額救助一事，於98年9月3日再次邀集漁業署及水利署及漁民代表，開會協商尋求解決。 但水利署代表認為無須檢附水權狀，此例一開，未來難以要求漁民守法，可能造成超抽地下水，地層下陷更嚴重。但縣長認為水利法並未規定，魚塭養殖業者需申請水權狀，且引入海水養殖為何須要申請，此極為不合理，會議中即電話聯繫水利署長說明地方之訴求與問題所在。 並於98年9月4日縣長與災民前往經濟部陳情，強烈要求水利署重視此問題，經過2小時之協商，經濟部水利署已同意就水權登記與天然災害救助問題脫鉤。 縣府將等中央正式公文函復，立即函知各鄉鎮公所，不讓養殖漁民災損因無水權狀，無法獲得全額救助之問題所困擾。