嘉義市政府表示，莫拉克颱風過後，嘉義市湖內里地區常有臭味，經嘉義市政府環境保護局督促業者進行改善措施，9月2日業者改善措施告一段落，9月3日環保局立即會同里長及市議員現勘，針對改善措施不盡完善產生惡臭之養雞場進行告發。 環保局表示，於8月14日接獲陳情後即派員稽查，經查共有4家養雞場，督促進行改善措施，並請建設處派員協助輔導業者妥善處理死雞，並要求養雞場不得曝曬雞糞，不得將死雞放至地面，並加強消毒以維護環境衛生，業者均配合改善。 業者表示，颱風時雨水侵入雞舍造成醱酵產生異味，經環保局督促改善，一家雞舍屋頂因風災破損業者先行將潮濕之地面吸收材料挖除，再進行該雞舍雞隻出清，全面清理消毒；一家業者將雞隻移至他處飼養，對雞場全面清理消毒。 雖然業者表示清理雞糞將造成異味，但為了日後環境衛生，環保局仍要求進行清理，該二家業者於8月26日至9月2日出清雞隻並進行雞舍全面清理消毒，9月3日環保局複查時即對改善措施不完善產生臭味之業者告發，將依程序辦理處分。 環保局說，養雞場雖受風災影響，應採取有效因應措施，以免產生異味對附近居民生活環境品質造成影響，部分業者雖進行改善及消毒，惟無法有效防止臭味產生，應立即再進一步改善，往後亦將加強稽查取締，以維護附近民眾生活品質，業者應確實做好環境衛生管理以免受罰。