莫拉克颱風肆虐，所挾帶之雨量造成信義鄉神木村、東埔村及其他受災地區嚴重受損，南投縣政府環保局及衛生局災後恐受災地區之衛生環境不佳。 故於信義鄉台十六線進鄉道路及神木村、東埔村道路搶通後，隨即聯絡各單位前往信義鄉進行第一波環境消毒工作，穩定受災地區衛生條件。 該局為有效維護環境衛生及居民健康，於9月1日組成救災消毒小組進行第二階段消毒作業，以避免疫情發生。 環保局表示，因信義鄉各村進場道路受風災影響不一，環保局與南投市、草屯鎮、埔里鎮、竹山鎮、集集鎮、名間鄉、鹿谷鄉、中寮鄉、國姓鄉、魚池鄉、水里鄉、仁愛鄉繼8月中旬協助信義鄉完成明德村、愛國村、豐丘村、自強村、羅娜村、新鄉村、望美村、同富村第一階段各村消毒作業後，環保局及各鄉鎮市將於9月1日組成救災消毒小組進行第二階段消毒作業，另民間業者亦熱心加入工作團隊，支援消毒車輛及人員，前往信義鄉協助全鄉環境、道路及受災地區進行環境消毒作業。 而環保局責成各鄉鎮市公所務必於於9月1日至9月6日進行第二階段環境消毒作業，以有效維護環境衛生及居民健康，避免疫情發生。