經濟部水利署表示，因重視南部災情，已編列52億元加速執行高屏溪水系疏濬復建，並將移緩濟急將部分非防災急要工程經費挹注復建。 副署長吳約西表示，台灣年均雨量為2,510公厘，但莫拉克颱風所挾帶的超強豪雨量二、三天就超越了，這場無情雨，顯示天候的無常與大自然連本帶利的反撲。 吳約西說，水利署在治水硬體工程的施作中也提昇了防洪保護標準，並在非工程措施中也加強了因應與救災機置，但仍擋不住強風勁雨。 吳約西說，為因應以後大自然之無常，在工程及非工程上必須有所作為，並在國土復建、規劃中重新調整，同時防災、避災、減災作法也要提昇，目前最重要的是迅速恢復民眾生活的功能。 對於民代關心治水經費三成做為景觀，水利署鄭重表示，絕不可能。 該署說，在99年度振興經濟擴大公共建設特別預算中，加速辦理中央管河川急要段治理與環境營造計畫修正案，係整併原公務預算「重要河川環境營造計畫」，該計畫奉院核定內容即包括防災減災、維護管理及環境改善等工作項目，經費各約佔1/3，其中環境改善工作係針對老舊堤防辦理整建併改善河川之環境，並非景觀工程。同時為因應這次莫拉克颱風災害，水利署將檢討將部分非防災急要之河川環境改善工程經費，移緩濟急以挹注這次災害復建經費所不足。 水利署說，有關莫拉克水災造成高屏溪水系包括旗山、隘寮、荖濃等溪災害所需之復建工程經費約22億元及疏濬工程約30億計52億元，水利署已編列於88水災重建計畫特別預算中。