莫拉克颱風帶來強風豪雨造成作物倒伏及田區淹水，加上天氣放晴後溫度升高，致耕作環境高溫高濕，易使農作物之疫病害蟲孳生蔓延，請特別注意下列事項： (一)二期作水稻發生稻熱病、紋枯病及白葉枯病之風險大為提高，請稻農應注意做好及時防治。 (二)為預防蔬菜細菌性軟腐病、疫病、露菌病及黑腐病之危害，目前已受害嚴重之菜園或雜糧田，應立即進行清園，同時配合施藥防治，以有效抑制該等病害及斜紋夜蛾等害蟲之發生。 (三)颱風造成的果樹枝、葉及果實表皮受傷，易導致病害感染蔓延為害，因此在天氣放晴後，應立即進行病害的防治。受害倒伏之果樹切忌勉強扶正，應於地上部先立柱固定，再視損傷程度適當修剪；颱風造成的落果，應即清除；另小果套袋前，請先進行病蟲害防治，避免將病原菌或害蟲包入袋內，套袋需要等藥液乾燥後始可進行，以免造成藥害。 (四)防治用的誘蟲盒，若於颱風期間倒伏請予以扶正，遭風吹散遺失請迅速重新設置，另誘引劑或性費洛蒙資材請重新更換，以確保誘殺害蟲效果。 災後農作物復育務必先暢通排水，以利根部恢復生育，維持作物正常生長，受損嚴重田區，應先清園後復耕，並加強疫病蟲害防治，避免疫情擴大。