88水災發生第11日，面對國內外對救災緩慢的批判，馬總統率領副總統蕭萬長、行政院副院長邱正雄、國防部長陳肇敏等召開記者會表示，救災將依循從速從簡從寬的原則執行，並將於內政部下設「災害防救署」。 現場記者提問尖銳，包括民眾認為馬英九勘災態度冷漠、對外援態度反覆是否有弊端、行政團隊於風災當時未能苦民所苦，並質疑爲何不立即發布緊急命令等。 馬英九表示，將立刻成立「災害防救署」，取代現行的消防署，直屬於內政部，各地方政府則將成立災害防救局；並將在9月初對救災處理過程失職官員作出懲處決定；他說，多次勘災，了解民眾對政府救災的抱怨，身為總統不會逃避責任，但也會讓民眾知道他可以做的更好，屆時再由民眾做出評價。 國防部長陳肇敏對媒體質疑國軍投入救災過慢問題表示，水災發生後就坐鎮國防部，同為台灣人，人民面對災難他感同身受，在災區交通恢復後，國軍就全力投入救災。 至於災區民眾遲未能接到政府救助金的情況，馬英九表示，公務員處理政府公款必須憑藉一定文件流程才能避免弊端，「災民不可能不填表格」，但已指示救災處理需秉從速、從簡、從寬原則。 他並要求國防部及災害應變中心需接受民眾檢舉，官員有失職之處將立即進行調查，他也感謝監察院「將待救災工作告一段落後」才進行調查的決定，並承諾將盡速針對救災過程提出檢討結果。