台灣地區地形陡峻，降雨強度集中，加上近年來全球氣候異常，每年侵襲的颱風平均3.5次，豪大雨更達數十次，以此次莫拉克颱風挾帶超強之豪大雨，中南部嚴重受災，使民眾質疑8年治水計畫是否有效。 水利署表示，虛心接受各方之指教，而易淹水治理計畫是有系統且有組織的執行，惟超乎想像且超過200年洪水頻率之豪大雨並造成民眾的死傷也感同身受並表示遺憾。 水利署說，「八八水災」使嘉義、高雄、屏東等山區接連二、三天降下2,000毫米以上破錶之雨量，使得前一刻還是7年來最嚴重的苦旱，在72小時內使南台灣變成水鄉澤國民眾流離失所，同時橋斷路毀、山洪暴發、土石流橫竄，死亡罹難失蹤人數並不斷攀升，甚至高雄甲仙鄉小林村有毀村的惡夢。 有人質疑治水策略，8年1,160億元易淹水地區水患治理是否失靈，同時也對治水機關多頭馬車，水、土、林無法整合，導致執行不彰欠缺績效，引發「八八水災」嚴重之水患。 同時也有人關心水利署在大條河川不治，偏重於小條河流整治，治水預算沒有花在刀口上，該署也指出，大條河川－也就是中央管河川每年皆編列近百億之經費，以重要河川環境營造計畫分6年執行，水利署不會「重此失彼，頭重腳輕」，也不可能腳痛醫腳頭痛醫頭。 水利署說，易淹水地區水患治理計畫就是以綜合治水為策略，包括上、中、下游整個水系流域之整合，一併解決高度開發集水區洪澇災害，內、外水整體規劃考量，係多面向治理也有良好溝通平台與互動機置，在規劃執行過程中並辦理地方說明會，邀請環保團體及意見領袖與地方人士參與溝通，同時經濟部也統合各相關機關之疑點、難處並作出具體可行的執行策略。 水利署說，八八水災大自然的反撲，造成同胞的生離死別家破人亡令人遺憾痛心。 但，是否就此放棄既有且新的治水思想？水利署會重新檢討以提昇與民眾期許的落差，但面對挑戰沒有退縮的理由，為了更好的生活及後代子孫的永存，水利署有對於治水走在最前頭的責任，並責無旁貸的為台灣的水利而努力奮鬥。