針對小林村、勤和村災民不斷直指南區水資源局「曾文水庫越域引水工程」為這次土石流災情之禍首一事。 水利署長陳伸賢表示，水利署完全可以理解災民及家屬此刻激動的心情，然而，把這麼大的天災、幾百條人命的責任，完全歸究於一個越域引水工程，對水利署而言，實在是不可承受之重，水利署所有員工在心情上，更是既委屈又沈重。 水利署表示，之所以有曾文水庫越域引水工程，是考量到南部地區未來成長所需要的用水，而此工程完工後，可以增加南部地區每天60萬噸的用水供應量，所以才會規劃興建荖濃溪攔河堰，同時開鑿一條十四公里的引水隧道來輸送水源，現在災民指責的焦點，歸究於這條引水隧道在施工時，使用炸藥來炸山，導致土石鬆落，其實就工程專業的評估來看，真的是一點關係都沒有。 水利署說，這次引水隧道所使用的工法，是先在隧道口以鑽掘機具開挖，挖到1.2公里之後，才開始使用炸藥，而炸藥平均用量只有0.83kg/m3，還低於一般隧道工程的平均用量1.0~1.5kg/m3。 而且在洞口裡面1.2公里使用炸藥的地方，如果從剖面來看，與山坡表面的距離，大多都在200m以上，土石流所發生的地方都是邊坡表面，距離邊坡這麼深的地方使用炸藥，實在不足以引起山坡表面的土石流。 而且針對爆破震動的評估，水利署表示，這種深入洞口才爆破的工法，每次平均開炸輪進二公尺，開挖土石60m3，總裝藥量60Kg，分五次開炸。 而爆破振動計算洞口邊坡土石的最大質點速度僅2.0mm/sec，對照造成土石鬆動的質點速度值是190mm/sec，僅是標準的九十五分之一而已， 如果換算成範圍，一般來說，僅是影響直徑六公尺的隧道洞口周圍約三公尺內的土石。 水利署說，如果再加上引水隧道洞口距離小林村，還有11公里的距離，這個震動將更低，因此根本不可能造成規模如此龐大的土石流。 水利署說，在越域引水工程施工期間，水利署還曾分別在勤和村、民族村、頂坪林三個地點，委由環保署認可的環境檢測機構，實地監測噪音與振動，根據歷次各監測站所測得的資料顯示，施工期間日、夜間統計振動量，大多都在30dB上下，而最大測值為43.1dB，均遠低於日本振動相關法規之管制標準，屬於55dB以下人體無感的範圍，更進一步佐証，越域引水工程的震動程度，根本不可能造成土石流與堰塞湖潰堤。 水利署進一步以衛星影像初步研判，此次山崩約有五十公頃，深度約有六到八公尺，故約有300至400萬立方公尺的土石滑向小林村，造成小木村覆蓋土石深度約有十五公尺，如此巨大的崩塌力量，根本不是區區一個越域引水工程可能引發的影響。 水利署說，台東的太麻里、南投的東埔與神木村、嘉義的番路與阿里山、屏東的山地門與大津，都沒有相關的水利工程，卻也都發生規模不小的土石流，所以土石流與水利工程不能直接劃上等號，如果要把釀成小林村如此巨大的災情原因，歸究於水利署，對水利署而言，實在很不公平。